Desa Ngrapah tersusun atas pegunungan dan persawahan di sebelah Selatan dan Danau Rawa Pening di bagian Timur Laut. Letak dan Luas Desa Ngrapah secara geografis adalah sebagai berikut.

Luas              : 302,554 Ha

Ketinggian     : 600 mdpl

Curah Hujan  : 3000 mm/tahun

Topografi       : Dataran Rendah

Suhu Udara   : Sedang

 

Untuk menuju ke Ngrapah ada 2 pintu utama yaitu dari Ambarawa dan Desa Jambu. Selain itu, ada juga jalan tembus dari arah Salatiga melalui Kecamatan Banyubiru. Jarak dari Ibukota Provinsi ke Desa Ngrapah mencapai 47 km. Sedangkan dari Ibukota Kabupaten Dati II sejauh 27 km.

Secara administrasi Desa Ngrapah berada di Kecamatan Banyubiru, Kabupaten Semarang, Provinsi Jawa Tengah. Dengan batas wilayah sebagai berikut:

Sebelah Utara    : Kelurahan Pojoksari

Sebelah Selatan : Desa Banyubiru

Sebelah Barat     : Desa Brongkol

Sebelah Timur     : Desa Banyubiru